From 975920f59a28ebf760624334f8b57dfbbd38d4fa Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: HOCQUET Alexandre <alexandre.hocquet@univ-lorraine.fr>
Date: Sat, 9 May 2020 22:32:18 +0000
Subject: [PATCH] corrections typos
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Intro : La reproductibilité : en crise ?
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-L'expression "crise de la reproductibilité" en français possède [son article Wikipédia](https://fr.wikipedia.org/wiki/Crise_de_la_reproductibilit%C3%A9) depuis fin 2016 et l'équivalent en anglais (reproducibility crisis ou replication crisis) [depuis début 2015](https://en.wikipedia.org/wiki/Replication_crisis). Une rapide recherche du terme "replication crisis" dans les "[google trends](https://trends.google.com/trends/explore?date=all&q=%2Fm%2F012mc030)" montre que cette expression se popularise depuis la première moitié des années 2010. Le journal "Nature" en a fait ces dernières années [un de ses sujets éditoriaux récurrents](https://www.nature.com/collections/prbfkwmwvz/). En particulier, [une enquête sous forme de questionnaire](https://www.nature.com/news/1-500-scientists-lift-the-lid-on-reproducibility-1.19970) de plusieurs centaines de scientifiques de tous domaines est publiée en 2016 et est depuis reprise par tous les articles évoquant le sujet : Oui, il existe selon la majorité des scientifiques interrogés une incapacité à reproduire les expériences scientifiques publiées, et oui, il s'agit selon eux d'une crise, sous entendant non seulement que l'affaire est grave, mais aussi qu'elle est nouvelle ([Baker, 2016](https://www.nature.com/news/1-500-scientists-lift-the-lid-on-reproducibility-1.19970)).
+L'expression "crise de la reproductibilité" en français possède [son article Wikipédia](https://fr.wikipedia.org/wiki/Crise_de_la_reproductibilit%C3%A9) depuis fin 2016 et l'équivalent en anglais (reproducibility crisis ou replication crisis) [depuis début 2015](https://en.wikipedia.org/wiki/Replication_crisis). Une rapide recherche du terme "replication crisis" dans les "[google trends](https://trends.google.com/trends/explore?date=all&q=%2Fm%2F012mc030)" montre que cette expression se popularise depuis la première moitié des années 2010. Le journal "Nature" en a fait ces dernières années [un de ses sujets éditoriaux récurrents](https://www.nature.com/collections/prbfkwmwvz/). En particulier, [une enquête sous forme de questionnaire](https://www.nature.com/news/1-500-scientists-lift-the-lid-on-reproducibility-1.19970) de plusieurs centaines de scientifiques de tous domaines est publiée en 2016 et est depuis reprise par tous les articles évoquant le sujet : Oui, il existe selon la majorité des scientifiques interrogés une incapacité à reproduire les expériences scientifiques publiées, et oui, il s'agit selon eux d'une crise, sous-entendant non seulement que l'affaire est grave, mais aussi qu'elle est nouvelle ([Baker, 2016](https://www.nature.com/news/1-500-scientists-lift-the-lid-on-reproducibility-1.19970)).
La reproductibilité est souvent réclamée comme la moindre des choses en science, et pourtant, en forçant un peu le trait, on pourrait avancer que quasiment rien n'est jamais reproduit : personne ne veut essayer, et quand quelqu'un essaye, ça ne marche pas. Ce qui est nouveau, c'est que cela semble rédhibitoire dans le cadre de bonnes pratiques scientifiques, au nom de la crédibilité de la science, et [des initiatives](https://rescience.github.io/) pour y remédier commencent à fleurir.
@@ -14,7 +14,7 @@ Dans ce volet, nous allons essayer de nous intéresser à la crise de la reprodu
Chapitre 1 : La reproductibilité est une notion complexe
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-La reproductibilité pose tout d'abord un problème sémantique. Non seulement de nombreux termes existent (en anglais particulièrement : replicability? repeatability?, checking? robustness?) mais aussi de nombreux sens différents sont associés à chacun de ces termes : Le sens exact de la reproductibilité est rarement reproductible ! La raison de cette absence de consensus est probablement à chercher dans la diversité des communautés scientifiques qui s'emparent de cette notion. Une typologie des différents termes et de leurs emplois a déjà été esquissée ([Baker, 2016b)](https://www.nature.com/news/muddled-meanings-hamper-efforts-to-fix-reproducibility-crisis-1.20076), mais l'analyse fine des généalogies (d'où viennent les différences et à quelles cultures correspondent elles?) serait un sujet de recherche intéressant en soi. Dans la suite de ce texte, on essaye de rester agnostique, tout en essayant de pointer la diversité.
+La reproductibilité pose tout d'abord un problème sémantique. Non seulement de nombreux termes existent (en anglais particulièrement : replicability? repeatability? checking? robustness?) mais aussi de nombreux sens différents sont associés à chacun de ces termes : Le sens exact de la reproductibilité est rarement reproductible ! La raison de cette absence de consensus est probablement à chercher dans la diversité des communautés scientifiques qui s'emparent de cette notion. Une typologie des différents termes et de leurs emplois a déjà été esquissée ([Baker, 2016b)](https://www.nature.com/news/muddled-meanings-hamper-efforts-to-fix-reproducibility-crisis-1.20076), mais l'analyse fine des généalogies (d'où viennent les différences et à quelles cultures correspondent elles?) serait un sujet de recherche intéressant en soi. Dans la suite de ce texte, on essaye de rester agnostique, tout en essayant de pointer la diversité.
D'une manière générale, la littérature en histoire des sciences montre que si la reproductibilité conduit à plus de fiabilité en science, c'en est un moyen parmi d'autres, pas toujours suffisant, pas toujours nécessaire. La compilation historique de Steinle ([Steinle, 2016](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118865064.ch3)) propose une variété de situations.
@@ -24,7 +24,7 @@ La reproductibilité est aussi complexe parce que, bien que simple à imaginer e
* Reproductibilité pour quoi : pour valider ?, pour contredire ? pour interpréter ?
* Reproductibilité comment ? avec la même instrumentation ? le même protocole ? la même conclusion par d'autres moyens ?
* De fait, qu'est ce qui est "pareil" ? de strictes mesures ? des patterns concordants de résultats ? des conclusions généralisatrices ?
-* Et enfin, quand a t on besoin d'être "pareil" ? pour vérifier ? pour démontrer ? pour infirmer ou contredire ? pour généraliser ?
+* Et enfin, quand a-t-on besoin d'être "pareil" ? pour vérifier ? pour démontrer ? pour infirmer ou contredire ? pour généraliser ?
Par ailleurs, la "reproduction" doit elle être hypothétique ou effective ? Il est notoire que les scientifiques n'ont (en général) aucune motivation à reproduire les expériences des autres : Puisque la récompense de l'activité de recherche est la publication et que la valeur de la publication réside dans l'originalité, la question reste souvent hypothétique, et les rares cas de tentatives de reproduction se font lors de controverses.
@@ -50,44 +50,44 @@ Les expériences sur le vide de Robert Boyle, basées sur le même principe exp
### Etudier les controverses : Ondes gravitationnelles
Ce concept de savoir tacite, décrit initialement par Polanyi a été développé et catégorisé par le sociologue des sciences Harry Collins. Collins est la principale référence quand il s'agit de théoriser la reproductibilité. Ses quelques études de cas (Le laser TEA, le facteur Q du saphir, les essais de mise en évidence des ondes gravitationnelles sur 40 ans) montrent l'influence de ces savoirs tacites dans les difficultés de reproduction.
-L'école de la SSK (pour Sociology of Scientific Knowledge) s'est particuilèrement intéressée aux controverses scientifiques, parce qu'elles permettent d'en savoir plus sur ce qui se passe vraiment dans la science en train de se faire (knowledge in the making) par rapport à une situation sans problème. Étudier les controverses, c'est augmenter les chances de comprendres les formes de savoir tacite qui conditionnent la reproduction, qui n'apparaissent pas dans les publications, et qui surgissent au grand jour parce que des chercheurs contestent.
+L'école de la SSK (pour Sociology of Scientific Knowledge) s'est particulièrement intéressée aux controverses scientifiques, parce qu'elles permettent d'en savoir plus sur ce qui se passe vraiment dans la science en train de se faire (knowledge in the making) par rapport à une situation sans problème. Étudier les controverses, c'est augmenter les chances de comprendre les formes de savoir tacite qui conditionnent la reproduction, qui n'apparaissent pas dans les publications, et qui surgissent au grand jour parce que des chercheurs contestent.
-Dans le cas des essais expérimenatux de mise en évidence des ondes gravitationnelles (prévues par la théorie de la relativité), Collins a mis en évidence que les dispoitifs expérimentaux (ou plus exactement, les dispositifs de traitement du rapport signal/bruit produits par l'expérience) posent toute une série de problèmes (pointés par les équipes essayant de reproduire les résultats) qui empêchent le consensus. La controverse se clôt finalement sans qu'aucun parti ne puisse convaincre l'autre ([Collins, 1985](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/C/bo3623576.html)). Dans la formule "régression de l'expérimentateur" (ou experimenter's regress, une allusion à [l'argument de la régression](https://fr.wikipedia.org/wiki/Argument_de_la_r%C3%A9gression)), Collins pointe une indétermination qu'il considère irréductible. "Pour être certain qu'une expérience a été bien conduite, on a besoin de savoir si elle donne le bon résultat. Mais pour savoir en quoi consiste le bon résultat, on a besoin de réaliser une expérience bien conduite. Mais pour savoir si une expérience a été bien conduite, ad infinitum. La "régression de l'expérimentateur" démontre (selon Collins) que l'expérience seule ne peut forcer un scientifique à admettre un résultat auquel il est déterminé à s'opposer. ("To know whether an experiment has been well conducted, one needs to know whether it gives rise to the correct outcome. But to know what the correct outcome is, one needs to do a well-conducted experiment. But to know whether the experiment has been well conducted ...ad infinitum. the experimenters’ regress shows that experiment alone cannot force a scientist to accept a view that they are determined to resist.") ([Collins, 2016](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118865064.ch4)).
+Dans le cas des essais expérimenatux de mise en évidence des ondes gravitationnelles (prévues par la théorie de la relativité), Collins a mis en évidence que les dispositifs expérimentaux (ou plus exactement, les dispositifs de traitement du rapport signal/bruit produits par l'expérience) posent toute une série de problèmes (pointés par les équipes essayant de reproduire les résultats) qui empêchent le consensus. La controverse se clôt finalement sans qu'aucun parti ne puisse convaincre l'autre ([Collins, 1985](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/C/bo3623576.html)). Dans la formule "régression de l'expérimentateur" (ou experimenter's regress, une allusion à [l'argument de la régression](https://fr.wikipedia.org/wiki/Argument_de_la_r%C3%A9gression)), Collins pointe une indétermination qu'il considère irréductible. "Pour être certain qu'une expérience a été bien conduite, on a besoin de savoir si elle donne le bon résultat. Mais pour savoir en quoi consiste le bon résultat, on a besoin de réaliser une expérience bien conduite. Mais pour savoir si une expérience a été bien conduite, ad infinitum. La "régression de l'expérimentateur" démontre (selon Collins) que l'expérience seule ne peut forcer un scientifique à admettre un résultat auquel il est déterminé à s'opposer. ("To know whether an experiment has been well conducted, one needs to know whether it gives rise to the correct outcome. But to know what the correct outcome is, one needs to do a well-conducted experiment. But to know whether the experiment has been well conducted ...ad infinitum. the experimenters’ regress shows that experiment alone cannot force a scientist to accept a view that they are determined to resist.") ([Collins, 2016](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118865064.ch4)).
-La "sociologie de la calibration" de Collins met l'accent sur la nécessité que les instruments et les protocoles expérimenatux gagnent en crédibilité pour que des conclusions basées sur des résultats expérimenataux soient acceptés par la communauté de scientifiques concernés. Dans le cas des ondes gravitationnelles, l'affirmation de leur détecton a d'abord été rejetée dans les années 70 pour être finalement acceptée 40 ans plus tard. Shapin and Schaeffer ont repris cet exemple contemporain dans leur description des "litterary techniques" de Boyle pour ses pompes à air dans sa quête de légitimité.
+La "sociologie de la calibration" de Collins met l'accent sur la nécessité que les instruments et les protocoles expérimentaux gagnent en crédibilité pour que des conclusions basées sur des résultats expérimentaux soient acceptés par la communauté de scientifiques concernés. Dans le cas des ondes gravitationnelles, l'affirmation de leur détection a d'abord été rejetée dans les années 70 pour être finalement acceptée 40 ans plus tard. Shapin and Schaeffer ont repris cet exemple contemporain dans leur description des "litterary techniques" de Boyle pour ses pompes à air dans sa quête de légitimité.
Chapitre 2 : Six catégories de reproductibilité
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-Sabina Leonelli est une philosophe des sciences qui s'intéresse à la "data-centric biology" (selon sa propre expression, une biologie centrée sur les données, c'est à dire à l'activité scientifique dans les sciences de la vie à l'ère des big data). Elle étudie ce qu'elle appelle les voyages des données. Les données, jamais "brutes", contiennent en elles toutes les théories, conditions, protocoles, biais, cultures qui ont servi à leur production et leur réutilisation se fait toujours dans d'autres conditions, par des chercheurs appartenant à d'autres cultures ([Leonelli, 2016](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/D/bo24957334.html)). Pour ce qui est de la reproductibilité, dans la même veine consistant à tenir compte des différentes cultures épistémiques de différents domaines scientifiques, Leonelli propose six catégories d'activités scientifiques pour lesquelles "reproductibilité" n'a pas forcément le même sens ni la même importance. ([Leonelli 2018](https://www.emerald.com/insight/content/doi/10.1108/S0743-41542018000036B009/full/html))
+Sabina Leonelli est une philosophe des sciences qui s'intéresse à la "data-centric biology" (selon sa propre expression, une biologie centrée sur les données, c'est-à-dire à l'activité scientifique dans les sciences de la vie à l'ère des big data). Elle étudie ce qu'elle appelle les voyages des données. Les données, jamais "brutes", contiennent en elles toutes les théories, conditions, protocoles, biais, cultures qui ont servi à leur production et leur réutilisation se fait toujours dans d'autres conditions, par des chercheurs appartenant à d'autres cultures ([Leonelli, 2016](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/D/bo24957334.html)). Pour ce qui est de la reproductibilité, dans la même veine consistant à tenir compte des différentes cultures épistémiques de différents domaines scientifiques, Leonelli propose six catégories d'activités scientifiques pour lesquelles "reproductibilité" n'a pas forcément le même sens ni la même importance. ([Leonelli 2018](https://www.emerald.com/insight/content/doi/10.1108/S0743-41542018000036B009/full/html))
-### 1 Computational Reproducibility
-La reproductibilité computationnelle est la première envisagée par Leonelli parce qu'elle lui semble la plus simple à coller à une définition qui ne pose pas de problème. Selon les mots de Leonelli, "A research project is computationally reproducible if a second investigator [..] can recreate the final reported results of the project, including key quantitative findings, tables, and figures, given only a set of files and written instructions." (Un projet de recherche est reproductible computationnellement si un second chercheur peut obtenir de nouveau les résultats finaux tels qu'ils sont rapportés, simplement à partir d'un ensemble de fichiers et d'instructions écrites). On y trouve une vision de ce qu'est le computationnel restreint au traitement de données, et la question statistique y est implicitement agrégée. (Voir le chapitre 5 "reproductibilité computationnelle" pour une discussion sur les problèmes que cela pose). Pour Leonelli, il s'agit du seul domaine où une reproductibilité "absolue" est à la fois envisageable et souhaitable.
+### 1 Reproductibilité Computationnelle
+La reproductibilité computationnelle est la première envisagée par Leonelli parce qu'elle lui semble la plus simple à coller à une définition qui ne pose pas de problème. Selon les mots de Leonelli, "un projet de recherche est reproductible computationnellement si un second chercheur peut obtenir de nouveau les résultats finaux tels qu'ils sont rapportés, simplement à partir d'un ensemble de fichiers et d'instructions écrites". On y trouve une vision de ce qu'est le computationnel restreint au traitement de données, et la question statistique y est implicitement agrégée. (Voir le chapitre 4 "reproductibilité computationnelle" pour une discussion sur les problèmes que cela pose). Pour Leonelli, il s'agit du seul domaine où une reproductibilité "absolue" est à la fois envisageable et souhaitable.
-### 2 Direct Experimental Reproducibility: Standardised Experiments
-La deuxième catégorie concerne la reproductibilité expérimentale que Leonelli nomme "directe". Elle concerne les expériences qui sont les plus facilement maîtrisables (elle cite les **essais cliniques en médecine** ou la **physique des particules**) et ou, par conséquent, la reproductibilité est un canon de l'activité scientifique : elle est désirée et essentielle. Dans cette catégorie, contrairement (selon elle) à la première, "The circumstances of data production are, by contrast, a primary concern for experimentalists" (Les circonstances de la production des données sont de première importance pour les expérimentateurs). Ces domaines sont caractérisés par un gros contrôle sur les conditions, une attente de reproductibilité sur les motifs (patterns) de données résultant de l'expérience plutôt que sur les données exactes sortantes, et typiquement sur l'utilisation de la statistique pour trancher quant à la validité de reproduction de ces motifs.
+### 2 Reproductibilité Expérimentale Directe: Expériences Standardisées
+La deuxième catégorie concerne la reproductibilité expérimentale que Leonelli nomme "directe". Elle concerne les expériences qui sont les plus facilement maîtrisables (elle cite les **essais cliniques en médecine** ou la **physique des particules**) et ou, par conséquent, la reproductibilité est un canon de l'activité scientifique : elle est désirée et essentielle. Dans cette catégorie, contrairement (selon elle) à la première, "les circonstances de la production des données sont de première importance pour les expérimentateurs". Ces domaines sont caractérisés par un gros contrôle sur les conditions, une attente de reproductibilité sur les motifs (patterns) de données résultant de l'expérience plutôt que sur les données exactes sortantes, et typiquement sur l'utilisation de la statistique pour trancher quant à la validité de reproduction de ces motifs.
-### 3 Scoping, Indirect and Hypothetical Reproducibility: Semi-Standardised Experiments
-Dans sa troisème catégorie, "methods, set-up and materials used have been construed with ingenuity in order to yield very specific outcomes, and yet some significant parts of the set-up necessarily elude the controls set up by experimenters" (Les méthodes, protocoles et matériaux utilisés ont été imaginés pour spécifiquement aboutir à des réultats précis, à ceci près que certains détails significatifs des prorocoles échappent fatalement au contrôle des expérimentateurs). Cela concerne par exemple la recherche sur les **organismes modèles** (rats de labo), la **psychologie sociale**, ou la **neuroscience** : toutes ces activités scientifiques ont en commun d'être impossibles à standardiser complètement. Les conclusions intéressantes proviennent justement de ce qui est non-standardisé dans ces expériences, comme par exemple la répétition chez Fontana pour l'étude de la variabilité dans l'effet des morsures de vipères, alors que la répétition chez Redi n'a d'autre but que de gérer l'aléatoire. ([Schikore 2017](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/A/bo25793826.html)). Dans cette catégorie un peu fourre-tout, Leonelli propose que la reproductibilité la plus significative se trouve dans la "convergence across multiple lines of evidence,even when they are produced in different ways (la convergence de faisceaux de preuve indépendants, produits de façons différentes) ce que les historiens des sciences ont appelé la triangulation ou la robustesse ([Cartwright, 1991)](https://econpapers.repec.org/RePEc:hop:hopeec:v:23:y:1991:i:1:p:143-155) : Arriver à des conclusions cohérentes entre elles à partir d'expériences qui n'ont rien à voir entre elles.
+### 3 Reproducibilité Indirecte ou Hypothétique: Expériences Semi-Standardisées
+Dans sa troisème catégorie, "les méthodes, protocoles et matériaux utilisés ont été imaginés pour spécifiquement aboutir à des réultats précis, à ceci près que certains détails significatifs des protocoles échappent fatalement au contrôle des expérimentateurs". Cela concerne par exemple la recherche sur les **organismes modèles** (rats de labo), la **psychologie sociale**, ou la **neuroscience** : toutes ces activités scientifiques ont en commun d'être impossibles à standardiser complètement. Les conclusions intéressantes proviennent justement de ce qui est non-standardisé dans ces expériences, comme par exemple la répétition chez Fontana pour l'étude de la variabilité dans l'effet des morsures de vipères, alors que la répétition chez Redi n'a d'autre but que de gérer l'aléatoire. ([Schikore 2017](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/A/bo25793826.html)). Dans cette catégorie un peu fourre-tout, Leonelli propose que la reproductibilité la plus significative se trouve dans la "convergence across multiple lines of evidence,even when they are produced in different ways (la convergence de faisceaux de preuve indépendants, produits de façons différentes) ce que les historiens des sciences ont appelé la triangulation ou la robustesse ([Cartwright, 1991)](https://econpapers.repec.org/RePEc:hop:hopeec:v:23:y:1991:i:1:p:143-155) : Arriver à des conclusions cohérentes entre elles à partir d'expériences qui n'ont rien à voir entre elles.
-### 4 Reproducible Expertise: Non-Standard Experiments and Research on Rare Materials
-La catégorie suivante s'intéresse à l'exceptionnalité : "cases where experimenters are studying new objects or phenomena (new organisms for instance) and/or employing newly devised, unique instruments that are precisely tailored to the inquiry at hand" (les cas dans lesquels les expérimentateurs étudient des objets ou des phénomènes nouveaux et/ou utilisent des instruments uniques spécifiquement adaptés à l'étude). Dans ces situations, Le fait d'être significatif est moins lié au contrôle des conditions expérimentales qu'à l'expertise de la gestion des conditions exceptionnelles : "focus less on controls and more on developing robust ways of evaluating the effects of their interventions and the relation between those effects and the experimental circumstances at the time in which data were collected". Ce sont les sciences du rare qui sont ici concernées : en **archéologie**, la répétiton est tout simplement impossible et sans objet. "uniqueness and irreproducibility of the materials is arguably what makes the resulting data particularly useful as evidence" (l'unicité et l'irreproductibilité des matériaux est de fait ce qui rend les données obtenues utiles dans l'administration de la preuve). Dans cette catégorie, la vertu épistémique se trouve dans l'expertise : "reproducible expertise [...] as the expectation that any skilled experimenter working with the same methods and the same type of materials at that particular time and place would produce similar results." (l'expertise reproductible se définit comme la compréhension qu'un expérimentateur qualifié travaillant avec des méthodes similaires sur les mêmes matériaux à ce moment et cet endroit précis produirait des résultat similaires)
+### 4 Reproducibilité par Expertise: Expériences Non-Standard et Objets de Recherche Rares
+La catégorie suivante s'intéresse à l'exceptionnalité : "les cas dans lesquels les expérimentateurs étudient des objets ou des phénomènes nouveaux et/ou utilisent des instruments uniques spécifiquement adaptés à l'étude". Dans ces situations, "le fait d'être significatif est moins lié au contrôle des conditions expérimentales qu'à l'expertise de la gestion des conditions exceptionnelles". Ce sont les sciences du rare qui sont ici concernées : en **archéologie**, la répétiton est tout simplement impossible et sans objet. "uniqueness and irreproducibility of the materials is arguably what makes the resulting data particularly useful as evidence" (l'unicité et l'irreproductibilité des matériaux est de fait ce qui rend les données obtenues utiles dans l'administration de la preuve). Dans cette catégorie, la vertu épistémique se trouve dans l'expertise : "l'expertise reproductible se définit comme la compréhension qu'un expérimentateur qualifié travaillant avec des méthodes similaires sur les mêmes matériaux à ce moment et cet endroit précis produirait des résultats similaires".
-### 5 Reproducible Observation: Non-experimental case description
-Les deux dernières catégories concernent les sciences de l'observation : "surveys, descriptions and case reports documenting unique circumstances" (enquêtes, descriptions, études de cas qui documentent des circonstances uniques). L'expertise y est encore une fois clé pour l' "observation reproductible". "Reproducibility of observation [is] the expectation that any skilled researcher placed in the same time and place would pick out, if not the same data, at least similar patterns" (La reproducibilté de l'observation consiste en la compréhension que n'importe quel chercheur qualifié travaillant avec les mêmes méthodes, au même endroit au me moment, obtiendrait des résultats similaires, au moins dans les motifs). Leonelli cite la **sociologie** mais aussi la **radiologie** : "structured interviewing, where researchers devise a relatively rigid framing for their interactions with informants; and diagnosis based on radiographies, resonance scans and other medical imaging techniques." (les entretiens structurés dans lesquels les chercheurs conçoivent un cadre relativement strict des interactions avec leurs enquêtés ou les diagnostics basés sur des radiographies ou l'imagerie de résonance médicale).
+### 5 Observation Reproductible: Etudes de Cas Non-expérimentales
+Les deux dernières catégories concernent les sciences de l'observation : "enquêtes, descriptions, études de cas qui documentent des circonstances uniques". L'expertise y est encore une fois clé pour l' "observation reproductible". "La reproductibilté de l'observation consiste en la compréhension que n'importe quel chercheur qualifié travaillant avec les mêmes méthodes, au même endroit au même moment, obtiendrait des résultats similaires, au moins dans les motifs". Leonelli cite la **sociologie** mais aussi la **radiologie** : "les entretiens structurés dans lesquels les chercheurs conçoivent un cadre relativement strict des interactions avec leurs enquêtés ou les diagnostics basés sur des radiographies ou l'imagerie de résonance médicale".
-### 6 Irreproducible Research: Participant Observation
-Enfin la dernière catégorie traite des activités scientifiques où "the idea of reproducibility has been rejected in favor of an embrace of the subjectivity and unavoidable context-dependence of research outcomes" (L'idée même de reproductibilité est écartée au profit de la subjectivité, et d'une dépendance inévitable du contexte pour les résultats de recherche). En **anthropologie**, la reproductibilité n'a pas de sens : "Anthropologists cannot rely on reproducibility as an epistemic criterion for data quality and validity. They therefore devote considerable care to documenting data production processes" (Les anthopologues ne peuvent pas compter sur la reproductibilité en tant que critère épistémique pour la validité et la qualité de leurs données. Ils se concentrent du coup sur la documentation du processus de production des données).
+### 6 Recherche Non-Reproductible: Observation Participante
+Enfin la dernière catégorie traite des activités scientifiques où "l'idée même de reproductibilité est écartée au profit de la subjectivité, et d'une dépendance inévitable du contexte pour les résultats de recherche". En **anthropologie**, la reproductibilité n'a pas de sens : "les anthropologues ne peuvent pas compter sur la reproductibilité en tant que critère épistémique pour la validité et la qualité de leurs données. Ils se concentrent du coup sur la documentation du processus de production des données".
-Là où la reproductibilité n'a pas de sens, les communautés scientifiques font reposer leur crédibilité sur d'autres vertus épistémiques. La réflexivité, par exemple, (dont de nombreuses sciences pourraient s'inspirer). "Ethnographic work in anthropology, for instance, has developed methods to account for the fact that data are likely to change depending on time, place, subjects as well as researchers’ moods, experiences and interests. Key among such methods is the principle of reflexivity, which requires researchers to give as comprehensive a view of their personal circumstances" (Dans le travail ethnographique en anthropologie, par exemple, des méthodes ont été développées pour tenir compte du fait que les données changent en fonction du temps, de l'endroit, des sujets de recherches mais aussi de caractériqtiques du chercheur comme ses expériences passées, ses centres d'intérêts ou son humeur. Le concept de réflexivité est essentiel dans ces méthodes : il requiert des chercheurs une compréhension la plus complète possible de leur propre influence)
+Là où la reproductibilité n'a pas de sens, les communautés scientifiques font reposer leur crédibilité sur d'autres vertus épistémiques. La réflexivité, par exemple, (dont de nombreuses sciences pourraient s'inspirer). "Dans le travail ethnographique en anthropologie, par exemple, des méthodes ont été développées pour tenir compte du fait que les données changent en fonction du temps, de l'endroit, des sujets de recherches mais aussi de caractéristiques du chercheur comme ses expériences passées, ses centres d'intérêts ou son humeur. Le concept de réflexivité est essentiel dans ces méthodes : il requiert des chercheurs une compréhension la plus complète possible de leur propre influence".
La conclusion de Leonelli à propos de cette typologie en six catégories est que l'exigence de reproductibilité (en tant que moyen d'obtenir la fiabilité) pose problème, et ce encore plus si elle est définie dans un sens étroit, basé sur des préceptes qui n'ont de sens que dans un seul domaine scientifique. Elle pose problème pour la vitalité de champs scientifiques différents pour lesquels cette exigence peut être sans objet, voire contre-productive. Certains vont même plus loin et voient dans l'exigence de reproductibilité globale "one size fits all" une tentative de ghettoïsation des sciences qui ne correspondraient pas à ce standard trop facilement accepté comme universel ([Penders et al. 2019](https://www.mdpi.com/2304-6775/7/3/52)).
Chapitre 3 : La crise et le discours de crise
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-La narration de la reproductibilité en tant que crise pose question : Pourquoi est on en crise maintenant, c'est à dire depuis les années 2010? Pourquoi est on en crise en même temps dans des domaines distincts (psychologie, épidémiologie, sciences computationnelles...) ? Quel est le lien avec la narration de la science ouverte ? quel est le lien avec la crise de l'accès aouvert aux publications, et la question de l'ouverture des données qui lui est liée ([Hocquet,2018](https://theconversation.com/debat-l-open-science-une-expression-floue-et-ambigue-108187)) ? Quels sont les enjeux ? Comment et pourquoi ces éléments de discours sont ils repris/amorcés/amplifiés par des institutions (sociétés savantes, institutions nationales...) ? Quelle vision normative de ce que devrait être la "bonne science" cela traduit il ? En quoi cette narration est elle liée à une crise de confiance (des citoyens, des institutions) envers la science et comment est elle gérée (par les institutions) ? Sans pouvoir répondre à toutes ces questions, ce bref mémo tente de donner quelques pistes.
+La narration de la reproductibilité en tant que crise pose question : Pourquoi est-on en crise maintenant, c'est-à-dire depuis les années 2010? Pourquoi est-on en crise en même temps dans des domaines distincts (psychologie, épidémiologie, sciences computationnelles...) ? Quel est le lien avec la narration de la science ouverte ? Quel est le lien avec la crise de l'accès ouvert aux publications, et la question de l'ouverture des données qui lui est liée ([Hocquet,2018](https://theconversation.com/debat-l-open-science-une-expression-floue-et-ambigue-108187)) ? Quels sont les enjeux ? Comment et pourquoi ces éléments de discours sont ils repris/amorcés/amplifiés par des institutions (sociétés savantes, institutions nationales...) ? Quelle vision normative de ce que devrait être la "bonne science" cela traduit-il ? En quoi cette narration est-elle liée à une crise de confiance (des citoyens, des institutions) envers la science et comment est-elle gérée (par les institutions) ? Sans pouvoir répondre à toutes ces questions, ce bref mémo tente de donner quelques pistes.
### La crise dans les médias
-A première vue, les signaux d'alerte envoyés et la façon de les lancer laisse penser qu'il existe un lien, ou du moins une concomittance avec le mouvement de l'Open Access, la rebellion contre les oligopoles des éditeurs scientifiques et leur tendance à rendre la littérature scientifique inaccessible au commun des mortels (voire au commun des chercheurs) : Un des chevaux de bataille de ce mouvement est la revendication de plus de transparence dans les sciences. Par extension, le mouvement de l'Open Science revendique que les expériences scientifiques puissent être reproductibles, dans le cadre de cette exigence de transparence.
+A première vue, les signaux d'alerte envoyés et la façon de les lancer laissent penser qu'il existe un lien, ou du moins une concomittance avec le mouvement de l'Open Access, la rebellion contre les oligopoles des éditeurs scientifiques et leur tendance à rendre la littérature scientifique inaccessible au commun des mortels (voire au commun des chercheurs) : Un des chevaux de bataille de ce mouvement est la revendication de plus de transparence dans les sciences. Par extension, le mouvement de l'Open Science revendique que les expériences scientifiques puissent être reproductibles, dans le cadre de cette exigence de transparence.
La reproductibilité est revendiquée comme le "gold standard", l'étalon qui permet la confiance dans l'activité scientifique, confiance de la part de la communauté des chercheurs eux-mêmes mais aussi pour les institutions scientifiques de financement, et les citoyens. Le lien entre publication, transparence et reproductibilité est particulièrement pregnant dans la critique du peer-reviewing qui accompagne le mouvement de l'Open Access.
@@ -105,7 +105,7 @@ En 2011, est créé le Reproducibility Project, puis en 2013, le Center for Open
### Essais cliniques
L'autre domaine concerne les essais cliniques en médecine. L'historienne des sciences Nicole Nelson ([Nelson, 2019](https://www.radcliffe.harvard.edu/event/2019-nicole-c-nelson-fellow-presentation)) propose une généalogie de la crise dans le monde des essais cliniques. La médiatisation, en 2012, d'une publication affirmant avoir tenté de reproduire plusieurs dizaines d'essais cliniques de traitements contre le cancer pour un taux d'échec proche de 90% provoque un tollé ([Begley & Ellis, 2012](https://www.nature.com/articles/483531ahttps://www.nature.com/articles/483531a)). La curiosité de cette publication que retient Nelson est que ses auteurs sont affiliés à une entreprise biomédicale privée. Il est notoire que les chercheurs n'ont a priori aucun intérêt (à l'exception de cas de compétitions ou disputes autour d'une controverse précise) à perdre leur temps à essayer de reproduire les résultats des autres puisque ça ne leur rapporte rien en termes d'originalité ni de publications. Dans le cas de chercheurs du privé, c'est encore plus étonnant puisque ça ne rapporte non plus rien financièrement.
-L'historicisation des essais cliniques en médecine permet d'en comprendre les raisons. L' "[evidence based medicine](https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9decine_fond%C3%A9e_sur_les_faits)" est une politique (en particulier etats-unienne) apparue à la fin du XXe siècle fondée sur un espoir de rationalisation du processus de décision dans la pratique médicale. Les méta-analyses des essais cliniques ont connu à cette occasion une nouvelle mise en lumière comparative (en particulier grâce aux graphiques en forêt). Une conséquence en a été le doute grandissant sur la validité des études cliniques devant la visualisation de résultats parfois apparemment contradictoires. Au début des années 2000, la contestation a porté sur les biais liés au fiancement privé des recherches, avec en point d'orgue le livre "The Truth About the Drug Companies: How They Deceive Us and What to Do" ([Angell, 2004](https://www.penguinrandomhouse.com/books/3901/the-truth-about-the-drug-companies-by-marcia-angell-md/)) provenant de la communauté académique médicale. La mise en évidence récente, lors d'études financées par le privé, que les problèmes de reproductibilité existent autant dans la recherche publique que dans la recherche privée suggère que ce manque de reproductibilité est lié à autre chose que l'influence d'intérêts financiers. Nelson le voit donc comme une sorte de contre-attaque de l'industrie pharmaceutique pour sortir du rôle de méchant dans lequel elle est cantonnée.
+L'historicisation des essais cliniques en médecine permet d'en comprendre les raisons. L' "[evidence based medicine](https://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9decine_fond%C3%A9e_sur_les_faits)" est une politique (en particulier etats-unienne) apparue à la fin du XXe siècle fondée sur un espoir de rationalisation du processus de décision dans la pratique médicale. Les méta-analyses des essais cliniques ont connu à cette occasion une nouvelle mise en lumière comparative (en particulier grâce aux graphiques en forêt). Une conséquence en a été le doute grandissant sur la validité des études cliniques devant la visualisation de résultats parfois apparemment contradictoires. Au début des années 2000, la contestation a porté sur les biais liés au financement privé des recherches, avec en point d'orgue le livre "The Truth About the Drug Companies: How They Deceive Us and What to Do" ([Angell, 2004](https://www.penguinrandomhouse.com/books/3901/the-truth-about-the-drug-companies-by-marcia-angell-md/)) provenant de la communauté académique médicale. La mise en évidence récente, lors d'études financées par le privé, que les problèmes de reproductibilité existent autant dans la recherche publique que dans la recherche privée suggère que ce manque de reproductibilité est lié à autre chose que l'influence d'intérêts financiers. Nelson le voit donc comme une sorte de contre-attaque de l'industrie pharmaceutique pour sortir du rôle de méchant dans lequel elle est cantonnée.
### La méta-science
L'autre angle de contestation est porté par les statisticiens. La publication de 2005 de Ioannidis "Why Most Published Research Findings Are False" (au titre particulièrement nuancé) est de loin la plus citée ([Ioannidis, 2005](https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.0020124)). Au point que depuis, un champ scientifique auto-proclamé appelé "[méta-science](https://en.wikipedia.org/wiki/Metascience)", imaginé par des statisticiens censé analyser les problèmes de reproductibilité en science, se concentre exclusivement sur les problèmes posés par la statistique et analyse la question exclusivement sous l'angle des bonnes pratiques statistiques, en les élevant au rang de parangon de LA méthode scientifique, comme si elle était unique.
@@ -114,33 +114,33 @@ Il est de fait frappant que la quasi unanimité de la médiatisation de la crise
Chapitre 4 : La reproductibilité computationnelle
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-La reproductibilité computationnelle, c'est à dire la part où l'ordinateur joue un rôle, est ce qu'il nous intéresse ici. D'une part, la narration de la crise (telle que cette dernière apparait dans les médias) a tendance à l'invisibiliser sous le flot de la crise statistique. Si on distingue trois domaines différents dans laquelle la reproductibilité s'exprime (bien que les trois soient entremêlés) à savoir expérimental, statistique et computationnel, alors le statistique est la vedette de la crise. D'ailleurs, dans sa catégorisation, Leonelli a tendance à confondre computationnel et statistique d'une part, et réduire le computationnel au traitement de données d'autre part.
+La reproductibilité computationnelle, c'est-à-dire la part où l'ordinateur joue un rôle, est ce qu'il nous intéresse ici. D'une part, la narration de la crise (telle que cette dernière apparait dans les médias) a tendance à l'invisibiliser sous le flot de la crise statistique. Considérons trois domaines de reproductibilité (bien que les trois soient entremêlés) à savoir expérimental, statistique et computationnel. Le statistique est indubitablement la vedette de la crise. D'ailleurs, dans sa catégorisation, Leonelli a tendance à confondre computationnel et statistique d'une part, et réduire le computationnel au traitement de données d'autre part.
Le statistique a tendance à être plus impliqué dans les domaines les plus médiatiques (essais cliniques et psychologie). Le statistique est plus utilisé par des non-experts et il est plus facile à dramatiser, donc à médiatiser. L'apparition médiatique d'experts en "méta-science" comme Ioannidis, surfant sur cette vague de la crise de la reproductibilité en atteste.
### Reproductibilité expérimentale
La reproductibilité expérimentale est historiquement apparue en premier (voir le chapitre 1). Les différents aspects qui la caractérisent dépendent de chaque domaine scientifique. Il est donc difficile d'en esquisser des principes généraux. Le philosophe John Norton argumente même qu'il n'existe pas de théorie générale du raisonnement par induction ([Norton, 2010](https://www.journals.uchicago.edu/doi/abs/10.1086/656542)), et que chaque domaine scientifique possède ses propres critères méthodologiques, en particulier sur la question de la reproductibilité (voir chapitre 2).
-La sociologue Karin Knorr-Cetina montre en observant des physiciens des particules et des imunologistes que différents domaines scientifiques possèdent différentes "**cultures épistémiques**", battant en brèche l'idée qu'il existerait UNE méthode scientifique ([Knorr-Cetina, 1999](https://www.hup.harvard.edu/catalog.php?isbn=9780674258945)). C'est ce que les philosophes des sciences nomment "the disunity of science" ([Galison & Stump, 1996](https://www.sup.org/books/title/?id=2121)). Dans le même ordre d'idée, Collins, en invoquant la régression de l'expérimentateur, énonce que la question de la reproductibilité doit d'abord résoudre le problème du consensus de ce que constitue le même "espace expérimental" qui va définir sur ce quoi un groupe de chercheurs peut se mettre d'accord quant à la validité des expériences. A l'intérieur de cet espace, un consensus sur la reproductibilité peut émerger, mais il ne sera jamais universel.
+La sociologue Karin Knorr-Cetina montre en observant des physiciens des particules et des imunologistes que différents domaines scientifiques possèdent différentes "**cultures épistémiques**", battant en brèche l'idée qu'il existerait UNE méthode scientifique ([Knorr-Cetina, 1999](https://www.hup.harvard.edu/catalog.php?isbn=9780674258945)). C'est ce que les philosophes des sciences nomment "the disunity of science" ([Galison & Stump, 1996](https://www.sup.org/books/title/?id=2121)). Dans le même ordre d'idée, Collins, en invoquant la régression de l'expérimentateur, énonce que la question de la reproductibilité doit d'abord résoudre le problème du consensus de ce que constitue le même "espace expérimental" qui va définir ce sur quoi un groupe de chercheurs peut se mettre d'accord quant à la validité des expériences. A l'intérieur de cet espace, un consensus sur la reproductibilité peut émerger, mais il ne sera jamais universel.
Dans "How experiments end", Galison oppose deux catégories de scientifiques dans le même domaine de la physique des particules : ceux qui basent leur confiance dans les trajectoires effectivement observées dans les chambres à bulle et ceux qui ont plus confiance dans le traitement statistique Monte Carlo et la répétition des calculs (parce que "anything can happen once", tout peut toujours arriver une seule fois). On est là en présence d'une cohabitation de légitimités expérimentale et statistique (voire computationnelle) avec des stratégies différentes de définition de ce qui est fiable à l'intérieur d'un même champ scientifique ([Galison, 1987](https://www.press.uchicago.edu/ucp/books/book/chicago/H/bo5969426.html)).
### Généalogie de la reproductibilité computationnelle
Pourtant, la reproductibilité comme norme, comme exigence, est souvent rhétoriquement liée à l'expérimentation, au discours de l'expérimentation. Les techniques de Boyle (voir chapitre 1) pour convaincre et acquérir une légitimité sont à l'origine de la fondation de la Royal Society et du concept de publication, et sont devenues l'archétype de la reproductibilité universelle grâce à la publication, telle qu'elle est revendiquée comme "gold standard". La reproductibilité computationnelle ne vient, chronologiquement, évidemment qu'après, mais l'informatisation participe à la transformation de l'activité scientifique dans de très nombreux domaines scientifiques. Il s'agit là d'une sorte de "changement d'époque" ([Nordmann et al., 2011](https://upittpress.org/books/9780822961635/)), un changement qui possède ses aspects épistémiques et techniques (l'informatisation, la transformation de l'instrumentation, la recrudescence des traitements statistiques dans l'expérimentation), mais aussi industriels et économiques (l'émergence de l'entrepreneurship science, du technology transfer) ([Berman, 2011](https://press.princeton.edu/books/hardcover/9780691147086/creating-the-market-university)).
-Si la reproductibilité statistique est grandement discutée (voir chapitre 3), il existe aussi une part de (problème de) reproductibilité qui est computationnelle sans pour autant être statistique, et elle a tendance à être parfois invisibilisée par, ou confondue avec, le statistique. Que ça soit en traitement de données, en modélisation, en informatique ou même dans quasiment tous les appareils électroniques de l'instrumentation, la computation intervient dans des recoins de la science sans même que le scientifique ne s'en rende parfois compte.
+Si la reproductibilité statistique est grandement discutée (voir chapitre 3), il existe aussi une part de (problème de) reproductibilité qui est computationnelle sans pour autant être statistique, et elle a tendance à être parfois invisibilisée par, ou confondue avec, le statistique. Que ce soit en traitement de données, en modélisation, en informatique ou même dans quasiment tous les appareils électroniques de l'instrumentation, la computation intervient dans des recoins de la science sans même que le scientifique ne s'en rende parfois compte.
-D'ailleurs, le calcul computationnel est souvent réduit, y compris par ses acteurs mêmes, à l'activité de traitement de données par le calcul, ce qui favorise la confusion entre computationnel et statistique. De fait, le computationnel est souvent réduit à "ce qui traite les données" : D'après Googman, Fanelli et Ioannidis, "Scientist Jon Claerbout coined the term and associated it with a software platform and set of procedures that permit the reader of a paper to see the entire processing trail from the raw data and code to figures and tables" (Le sismologue Jon Claerbout est à l'origine du terme et le comprennait comme une plateforme logicielle et un ensemble de protocoles qui permettent au lecteur d'une publication d'apréhender le chemin complet depuis les données brutes et le code jusqu'aux tableaux et figures) ([Goodman et al., 2016](https://stm.sciencemag.org/content/8/341/341ps12)). Pourtant, même s'ils sont interpénétrés, le statistique et le computationnel ne posent pas les mêmes problèmes de reproductibilité.
+D'ailleurs, le calcul computationnel est souvent réduit, y compris par ses acteurs mêmes, à l'activité de traitement de données par le calcul, ce qui favorise la confusion entre computationnel et statistique. De fait, le computationnel est souvent réduit à "ce qui traite les données" : D'après Goodman, Fanelli et Ioannidis, "Scientist Jon Claerbout coined the term and associated it with a software platform and set of procedures that permit the reader of a paper to see the entire processing trail from the raw data and code to figures and tables" (Le sismologue Jon Claerbout est à l'origine du terme et le comprenait comme une plateforme logicielle et un ensemble de protocoles qui permettent au lecteur d'une publication d'appréhender le chemin complet depuis les données brutes et le code jusqu'aux tableaux et figures) ([Goodman et al., 2016](https://stm.sciencemag.org/content/8/341/341ps12)). Pourtant, même s'ils sont interpénétrés, le statistique et le computationnel ne posent pas les mêmes problèmes de reproductibilité.
### Caractéristiques de la reproductibilité computationnelle
-La reproductibilité computationnelle souffre, elle, d'un déficit de reconnaissance "grand public" : beaucoup en ont une image superficielle d'infaillibilité (2+2=4 est tout le temps vrai) et pourtant elle a eu aussi son moment de "crise grand pubic" lors de l'affaire du "[climategate](https://fr.wikipedia.org/wiki/Incident_des_courriels_du_Climatic_Research_Unit)" suivi du [Science Code Manifesto](http://sciencecodemanifesto.org/) en 2011. A cette occasion, la révélation d'emails de chercheurs en science du climat avaient semé la panique dans la communauté dont la crédibilité est un enjeu hautement politique. Le point le plus controversé de ce climategate était l'utilisation de "tricks" dans la programmation des modèles (en pratique, les emails en question mentionnaient des commentaires de lignes de codes incluant des subroutines appelées "tricks"), ce qui a abouti à une prise de conscience des problèmes posés par la programmation scientifique, et à l'élaboration du Science Code Manifesto en 2011 ([Barnes, 2010](https://www.nature.com/articles/467753a)).
+La reproductibilité computationnelle souffre, elle, d'un déficit de reconnaissance "grand public" : beaucoup en ont une image superficielle d'infaillibilité (2+2=4 est tout le temps vrai) et pourtant elle a eu aussi son moment de "crise grand public" lors de l'affaire du "[climategate](https://fr.wikipedia.org/wiki/Incident_des_courriels_du_Climatic_Research_Unit)" suivi du [Science Code Manifesto](http://sciencecodemanifesto.org/) en 2011. A cette occasion, la révélation d'emails de chercheurs en science du climat avaient semé la panique dans la communauté dont la crédibilité est un enjeu hautement politique. Le point le plus controversé de ce climategate était l'utilisation de "tricks" dans la programmation des modèles (en pratique, les emails en question mentionnaient des commentaires de lignes de codes incluant des subroutines appelées "tricks"), ce qui a abouti à une prise de conscience des problèmes posés par la programmation scientifique, et à l'élaboration du Science Code Manifesto en 2011 ([Barnes, 2010](https://www.nature.com/articles/467753a)).
-Parmi les caractéristiques de reproductibilité computationnelle, la plupart concerne le software. L'interdépendance des librairies informatiques est souvent un cauchemar informatique pour pouvoir reproduire un calcul ([Hinsen, 2018](https://www.practicereproducibleresearch.org/case-studies/khinsen.html)), comme le montre par exemple [cette publication](https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.orglett.9b03216) récente de calculs en chimie : les résultats sont différents selon qu'on utilise un Mac ou un PC ! ([Gallagher, 2019](https://arstechnica.com/information-technology/2019/10/chemists-discover-cross-platform-python-scripts-not-so-cross-platform/)) Comme la curation de données, le travail de programmation (et pas seulement celui de programmation mais aussi celui de compilation, distribution, politique de licence...) par un chercheur n'est pas récompensé par la publication (sauf s'il s'agit de son activité de recherche elle même) ([Hocquet et Wieber, 2017](https://ieeexplore.ieee.org/document/8268025)). De fait, une grosse partie de l'activité computationnelle est réalisée par des scientifiques dont ce n'est pas le métier : ni dans le coding, ni dans le management, ni dans la diffusion et le licensing.
+Parmi les caractéristiques de reproductibilité computationnelle, la plupart concerne le software. L'interdépendance des librairies informatiques est souvent un cauchemar informatique pour pouvoir reproduire un calcul ([Hinsen, 2018](https://www.practicereproducibleresearch.org/case-studies/khinsen.html)), comme le montre par exemple [cette publication](https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.orglett.9b03216) récente de calculs en chimie : les résultats sont différents selon qu'on utilise un Mac ou un PC ! ([Gallagher, 2019](https://arstechnica.com/information-technology/2019/10/chemists-discover-cross-platform-python-scripts-not-so-cross-platform/)) Comme la curation de données, le travail de programmation (et pas seulement celui de programmation mais aussi celui de compilation, distribution, politique de licence...) par un chercheur n'est pas récompensé par la publication (sauf s'il s'agit de son activité de recherche elle-même) ([Hocquet et Wieber, 2017](https://ieeexplore.ieee.org/document/8268025)). De fait, une grosse partie de l'activité computationnelle est réalisée par des scientifiques dont ce n'est pas le métier : ni dans le coding, ni dans le management, ni dans la diffusion et le licensing.
-C'est la différence entre la computing science (qui produit et publie des programmes) et la computational science (qui utilise des programmes dans son activité). Par ailleurs, l'industrie du software en général est elle même un domaine "en crise" depuis les années soixante ([Ensmenger, 2011](https://mitpress.mit.edu/books/computer-boys-take-over)) : Contrairement au hardware qui est de plus en plus performant (voir la loi de Moore), le software est toujours en retard, toujours plus cher que prévu, à l'interopérabilité toujours plus compliquée, et à la stabilité et la cohérence jamais achevées : comme le dit Ensmenger, plutôt qu'un tournant, La "[software crisis](https://en.wikipedia.org/wiki/Software_crisis)" est un art de vivre, depuis les années soixante jusqu'à aujourd'hui.
+C'est la différence entre la computing science (qui produit et publie des programmes) et la computational science (qui utilise des programmes dans son activité). Par ailleurs, l'industrie du software en général est-elle-même un domaine "en crise" depuis les années soixante ([Ensmenger, 2011](https://mitpress.mit.edu/books/computer-boys-take-over)) : Contrairement au hardware qui est de plus en plus performant (voir la loi de Moore), le software est toujours en retard, toujours plus cher que prévu, à l'interopérabilité toujours plus compliquée, et à la stabilité et la cohérence jamais achevées : comme le dit Ensmenger, plutôt qu'un tournant, La "[software crisis](https://en.wikipedia.org/wiki/Software_crisis)" est un art de vivre, depuis les années soixante jusqu'à aujourd'hui.
-Même si la définition et l'organisation de bonnes pratiques sont des préoccupations des chercheurs ([Bénureau et Rougier, 2018](https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2017.00069/full)) ([Stodden, 2016](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118865064.ch9)) et que ses bonnes pratiques sont souvent inspirées par les "libertés fondamentales du logiciel libre" établisssant en cela une connexion directe entre principes du logiciel libre et "open science", Le logiciel scientifique possède une existence en pratique parfois sujette a des tensions entre normes académiques et normes commerciales, liées entre autres à cette absence de récompense : commercialisation de packages (éventuellement encouragées par les politiques de "technology transfer" des universités) ([Hocquet et Wieber 2017](https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2017.00069/full)), ou inversement, énorme investissement en énergie et temps pour produire un logiciel libre, incapacité à imaginer un "business model" qui satisfasse à des éxigences épistémiques de transparence, protection du code par peur de la compétition, mais aussi par souci de stabilité du logiciel, licences variables selon les utilisateurs académiques ou industriels, bricolage de paramètres dans les modèles en fonction des utilisateurs ([Wieber et Hocquet, 2018](https://arxiv.org/abs/1812.00995)).
+La définition et l'organisation de bonnes pratiques sont des préoccupations des chercheurs ([Bénureau et Rougier, 2018](https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fninf.2017.00069/full)) ([Stodden, 2016](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118865064.ch9)) et ces bonnes pratiques sont souvent inspirées par les "libertés fondamentales du logiciel libre" établisssant en cela une connexion directe entre principes du logiciel libre et "open science". Pourtant, en pratique, le logiciel scientifique possède une existence parfois sujette a des tensions entre normes académiques et normes commerciales, liées entre autres à cette absence de récompense. Ces tensions se matérialisent par la commercialisation de packages (éventuellement encouragées par les politiques de "technology transfer" des universités) ([Hocquet et Wieber 2017](https://ieeexplore.ieee.org/document/8268025), ou inversement, par l'énorme investissement en énergie et temps pour produire un logiciel libre, l'incapacité à imaginer un "business model" qui satisfasse à la fois à des éxigences épistémiques de transparence, à la protection du code par peur de la compétition, mais aussi par souci de stabilité du logiciel. On observe aussi ces tensions dans les politiques de licences variables selon les utilisateurs académiques ou industriels, ou le bricolage de paramètres dans les modèles en fonction des utilisateurs ([Wieber et Hocquet, 2018](https://arxiv.org/abs/1812.00995)).
-De même qu'on peut décrire deux modèles d'expérimentation avec des rapports à la fiabilité de l'instrument scientifique différents (l'un basé sur la transparence du fonctionnement de l'intrument "maison" en tant que garante, l'autre sur la confiance dans un instrument industriel et commercial au fonctionnement standardisé par sa large diffusion), on peut décrire deux visions différentes de fiabilité scientifique computationnelle. L'un considére le software comme "user-oriented". Dans ce cas, le programme est vu comme un outil dont on peut soulever le capot et vérifier comment il marche : la transparence est la vertu épistémique garantissant la reproductibilité, contrairement à une "boîte noire". L'autre considère le software comme "market-oriented", il est produit industriellement et la confiance est basée sur la robustesse d'un produit industriel imposant une forme de standard, même si propriétaire. Dans ce cas, la reproductibilité est basée sur l'assurance de la fiabilité par l'imposition d'une norme industrielle (Hocquet et Wieber, 2020). En particulier, dans le second cas, la prolifération de versions différentes du logiciel est considérée comme un problème pour la reproductibilité, parce qu'elle nuit à la stabilité des versions donc à la standardisation. Le paradoxe est que la possibilité de réutiliser et de créer d'autres versions est un des principes issus du logiciel libre dont s'inspire l' "open science". "Open" et reproductible ne sont pas forcément synonymes.
+On a vu plus haut qu'on pouvait décrire deux visions de l'expérimentation avec des rapports à la fiabilité de l'instrument scientifique différents, l'une basée sur la transparence du fonctionnement de l'intrument "maison" en tant que garante de cette fiabilité, l'autre basée sur la confiance dans un instrument industriel et commercial au fonctionnement standardisé par sa large diffusion. On peut de manière similaire décrire deux visions différentes de fiabilité scientifique computationnelle. L'un considére le software comme "user-oriented". Dans ce cas, le programme est vu comme un outil dont on peut soulever le capot et vérifier comment il marche : la transparence est la vertu épistémique garantissant la reproductibilité, contrairement à une "boîte noire". L'autre considère le software comme "market-oriented", il est produit industriellement et la confiance est basée sur la robustesse d'un produit industriel imposant une forme de standard, même si propriétaire. Dans ce cas, la reproductibilité est basée sur l'assurance de la fiabilité par l'imposition d'une norme industrielle (Hocquet et Wieber, 2020). En particulier, dans le second cas, la prolifération de versions différentes du logiciel est considérée comme un problème pour la reproductibilité, parce qu'elle nuit à la stabilité des versions donc à la standardisation. Le paradoxe est que la possibilité de réutiliser et de créer d'autres versions est un des principes issus du logiciel libre dont s'inspire l' "open science". "Open" et reproductible ne sont pas forcément synonymes.
-Pour conclure, ce portrait de la reproductibilité ne doit pas empêcher d'essayer de concevoir des bonnes pratiques conduisant à plus de confiance dans la science. Au contraire, s'interroger sur les pratiques, les normes et les perceptions de l'activité scientifique, mais aussi celles de la computation doit pouvoir aider à les imaginer.
+Pour conclure, ce portrait de la reproductibilité ne doit pas empêcher d'essayer de concevoir des bonnes pratiques conduisant à plus de confiance dans la science. Au contraire, s'interroger sur les pratiques, les normes et les perceptions de l'activité scientifique, mais aussi celles de la computation doit pouvoir aider à les imaginer.
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